Добрый день,
При совместном использовании нескольких источников привязки: координат опорных точек, центров фотографирования и масштабных линеек, их относительный вес в процессе привязки/масштабирования определяется по значениям "Точности" заданной в качестве глобальных параметров через диалог настроек панели Привязка или индивидуально для каждого элемента в панели Привязка.
Ошибка по масштабным линейкам может дать информацию только об относительной ошибке, в то время как ошибки по опорным и контрольным точкам показывают абсолютную ошибку. В Вашем случае, например, вся модель могла сдвинуться куда-либо как единое целое, однако, масштаб остался неизменным.
В процессе оптимизации происходит уточнение относительного расположения камер, а также уточняются параметры внутреннего ориентирования камер (т.е. параметры дисторсий), при нажатии же на кнопку Обновить применяются исключительно аффинные преобразования (сдвиг, поворот, масштабирование) для всей модели целиком с целью минимизации ошибок по используемым данным привязки.
Обычно для валидации точности результатов используют контрольные опорные точки и контрольные масштабные линейки - это такие объекты, галочки с которых были сняты в панели Привязка на протяжении всего процесс обработки, таким образом, что их координаты и расстояния не учитывались в процессе.