Здравствуйте, Илья,
Для данного типа проектов мы бы рекомендовали исользовать следующую конфигурацию:
Intel i7 3930K - производительность будет на уровне двухпроцессорной Xeon станции,
64 GB RAM,
одну или несколько графических карт типа GTX 580 или 680 (GTX780 и TITAN также поддерживаются, однако, по производительности в PhotoScan они будут на уровне рекомендованных карт). Некоторые из пользователей успешно работают с Radeon HD7970, которая в некоторых случаях даже превосходит по производительности рекомендованные карты, но с драйверами к ATI картам иногда возникают проблемы.
Стоит обратить внимание, что SLI не поддерживается, однако, использование нескольких графичских карт раздельно даст почти линейный прирост производительности на этапе построения карт глубины.
Если сравнивать Quadro 4000 и три графических карты GTX 780, то последний вариант будет эффективней едва ли не на порядок. Вообще Quadro карты не так производительны в PhotoScan как игровые карты.
Если требуются какие-нибудь дополнительные уточнения, пожалуйста, обращайтесь.