Добрый день, Александр,
Существенной разницы производительности быть не должно для разных операционных систем. Хотя нам сообщали, что двухсокетные рабочие станции на базе Xeon (некоторых моделей) сильно быстрее работают под Linux, чем под Windows.
Для обычных же desktop решений заметных различий наблюдаться не должно.