Я так понял элементы внешнего ориентирования (GCP) не вводились. необходимо выполнить хотя бы GNSS-съемку местности в системе координат батиграфии. Если привязки у батиграфии нет, то стоит ее привязать. Можно это сделать в ArcGIS. Для начала нужно привязать отснятую площадь, эту процедуру советую делать в photoscan, определить наиболее выдающиеся на фотоснимках точки, отснять их на местности, забить в фотоскан, определить систему координат в которой велась съемка или оставить локальную. если проводилась локализация на местности (например если использовали МСК). Далее, экспортировать ортофото и ЦММ в ArcGIS. батиграфию, привязать по снимку. Для этого не обязательно иметь точки привязки - можно подогнать по форме как вектор, так и растр. Далее перевести Грид ЦММ в точки инструментом конвертации - растр в точки. далее. используем инструмент Топо в растр, для батиграфии задаем тип counturs, для точек - spot.