Добрый день, Валерий,
При обычной последовательности действий Карта высот стоится из плотного облака точек. По умолчанию высоты соответствуют высотам над эллипсоидом, соответственно, для точек привязки, использованных в проекте, необходимо также задавать высоту над эллипсоидом.
Начиная с последней версии, существует возможность задавать высоту над геоидом, если выбрана соответствующая составная система координат и присутствует файл с сеткой отклонений (по умолчанию в комплект поставки включается EGM96, дополнительные модели геоидов можно скачать со следующей страницы:
http://www.agisoft.com/downloads/geoids/, однако, там, конечно, далеко не все существующие геоиды).
Что касается классификации, если Карта высот строилась по отдельным классам плотного облака (например, по классу земли), то остальные области будут интерполированы, т.е. при построении матрицы высот только по точкам земли в областях, соответствующих деревьям, будет получена высота ландшафта.