Добрый день,
Чтобы улучшить результат я бы посоветовал использовать минимальное ISO (50-100), чтобы уменьшить шумы на фотографиях, более эффективно использовать размеры кадра (т.е. либо уменьшить расстояние от камеры до объекта, либо увеличить фокусное расстояние).
Что касается дырки в объекте, то для того, чтобы они получились, желательно снимать их с двух сторон, чтобы плотное облако соответствовало форме отверстий (т.е. чтобы было хорошее перекрытие внутри отверстий также).
Другой вариант, использовать выделение точек плотного облака по маскам: выбрать соответствующий пункт в меню Инструменты, выбрать фотографию DSC00226.jpg (из Вашего PSZ проекта), установить допуск на 2, например, нажать ОК. Удалить выбранные точки, соответствующие отверстиям, а затем построить меш и отключённой интерполяцией.