Добрый день,
Скорее всего проблема в отсутствии масок, которые закрывают статичный фон. Можете открыть любую фотографию и включить показ соответствий (Show Points), если при этом показывается большое количество точек на фоне, то, скорее всего, проблема именно в этом. Тогда следует добавить маски, закрывающие фон на всех кадрах, а затем перевыровнять фотографии, включив опцию Constrain Features by Mask.