Добрый день,
Ограничить область обработки с помощью векторных границ в настоящее время нельзя (область ограничивается только рабочим объёмом в форме прямоугольного параллелепипеда). Однако, для экспорта можно применить полигональные границы в виде нарисованных или импортированных фигур.
Для задания фигуре свойство "границы" нужно открыть режим просмотра Орто, выделить (сделать активным) нужные полигональные фигуры, зайти в контекстное меню для выделения по правому щелчку мыши и выбрать пункт "Задать тип границы" для данных фигур.
Полигоны со свойствами границы будут автиматически применены при экспорте облака точек, ортофотоплана, ЦМР и тайловой модели.