Добрый день,
По-видимому, выравнивание разбивается на два почти независимых блока, между которыми не удалось найти достаточного количества общих точек.
Если есть возможность, пришлите, пожалуйста, проект с получившимся выравниванием в PSZ формате на support@agisoft.com, либо ссылку на скачивание архива с исходными кадрами.