Добрый день,
Попробуйте следующее задание комбинированной СК:
COMPD_CS["MSK-27 / zone 2 + Baltic Height",
PROJCS["MSK-27 / zone 2",
GEOGCS["Krassovsky, 1942",
DATUM["Pulkovo 1942",
SPHEROID["Krassowsky 1940",6378245,298.3,AUTHORITY["EPSG","7024"]]],
PRIMEM["Greenwich",0,AUTHORITY["EPSG","8901"]],
UNIT["degree",0.01745329251994328,AUTHORITY["EPSG","9102"]],
AUTHORITY["EPSG","4284"]],
PROJECTION["Transverse_Mercator",AUTHORITY["EPSG","9807"]],
PARAMETER["latitude_of_origin",0],
PARAMETER["central_meridian",49.03333333333],
PARAMETER["scale_factor",1],
PARAMETER["false_easting",1300000],
PARAMETER["false_northing",-5709414.7],
UNIT["metre",1,AUTHORITY["EPSG","9001"]]],
VERT_CS["Baltic 1977 height",
VERT_DATUM["Baltic 1977",2005,AUTHORITY["EPSG","5105"]],
UNIT["metre",1,AUTHORITY["EPSG","9001"]],
AUTHORITY["EPSG","5705"]]]
Возможно, после использования этой СК нужно будет зайти в настройки преобразования датума и задать фиксированный сдвиг геоида относительно эллипсоида.
Я также чуть изменил описание системы, добавив наименование датума и тэг AUTHORITY в паре мест - для датума и сфероида. Если это не нужно, можете удалить.