Добрый день,
Может быть, Вы можете прислать пример проблемного проекта в PSZ формате с результатами выравнивания на support@agisoft.com, где расставлены несколько проекций маркера, а также скриншот, как следует передвинуть проекцию маркера, чтобы воспроизвести проблему?