Добрый день,
При редактировании облака (ручном удалении точек из облака), точки не удаляются навсегда, а только маркируются, как удалённые.
Функция Восстановить Облако позволяет вернуть все "удалённые точки". Операция же Сжать Плотное облако удаляет "удалённые точки" навсегда без возможности восстановления, однако, может существенно уменьшить объём, занимаемый файлами проекта, если было удалено значительное количество точек.