Проверил в текущей версии пре-релиза 1.6.0, похоже, там проблема с интерпретацией ввода - это будет исправлено в следующем обновлении 1.6.0. Нужно будет задавать координаты области построения следующим образом:
region = Metashape.BBox()
region.min = Metashape.Vector([x0, y0])
region.max = Metashape.Vector([x1, y1])
chunk.buildOrthomosaic(region = region)
где x0, y0 и x1, y1 - координаты углов прямоугольной области, для которой будет построен ортофотоплан.