Добрый день, Владимир,
Хотелось бы уточнить, включена ли опция уточнения маркеров (refine markers), а также включён ли VBO в настройках Metashape.
Воспроизвести проблему на нашей стороне не удалось - перетаскивание проекции маркера на одном из снимков никак не тормозит интерфейс программы даже в случае, когда активно плотное облако с десятками и сотнями миллионов точек, а также высокополигональные модели (также десятки миллионов полигонов).
Отрисовка плотного облака сейчас производится по блокам пирамиды масштабов, так что отображение плотного облака вообще не должно тормозить. В версии 1.8 также была сильно улучшена отрисовка полигональных моделей (желательно включать VBO), чтобы не тормозили даже сотни миллионов полигонов (при условии наличия достаточного объёма видеопамяти).