Добрый день, Александр,
Объединить облака точек можно следующим образом:
chunk = Metashape.app.document.chunk
task = Metashape.Tasks.MergeAssets()
task.source_data = Metashape.DataSource.DenseCloudData
task.assets = [dense_cloud.key for dense_cloud in chunk.dense_clouds]
task.apply(chunk)