Добрый день, Ваге Аршакович,
Уточните, пожалуйста, выполнялся ли линейный пролёт для каждого блока (то есть, отсутствует ли поперечное перекрытие), а также на основе каких данных производилась привязка каждого из исходных блоков (координаты центров фотографирования, углы ориентирования камер, опорные точки)?
Если есть возможность, пересохраните исходный проект в PSZ формате и пришлите его на support@agisoft.com. Для уменьшения объёма данных из этого проекта можно удалить карты глубины и плотные облака (затем снова сохранить и отправить).