Добрый день, Сергей,
Пришлите, пожалуйста, PRJ файл для любой из использованных зон на support@agisoft.com.
Файл геоида EGM2008, доступный на нашем сайте, определён на WGS84 эллипсоиде, соответственно, нужно будет предварительно преобразовать его для того, чтобы сетка отклонений была задана на эллипсоиде Красовского.