Здравствуйте, Александр,
Данная проблема может возникать, если в наборе было использовано много фотографий, снятых под углом к вертикали, поскольку экспорт ортофотопланов предназначен в основном для аэрофотосъёмки.
Мы сами сталкивались с подобными сложнастями как раз при получении ортофотпланов археологических раскопов. В качестве способа, помогающего избежать множества операций пост-обработки мы можем предложить такой workaround: отстроить текстуру в режиме Orthophoto (текстурный атлас будет параметризован соответствующим образом), после чего перестроить текстуру, выбрав опцию Keep UV (текущая параметризация). После этого текстуру можно будет сохранить через соответствующий пункт меню Инструменты.