Добрый день,
Несмотря на использование однородного фона, всё-таки могу порекомендовать масками закрывать этот статичный фон. Иначе соответствия между кадрами, относящиеся именно к фону могут приводить к ошибкам определения положения камер (например, как тот "кластер" из фотографий в первом примере). Также маскирование позволит избежать создания отдельных компонент плотного облака и меша, "летающих" вокруг основной модели.
Поскольку Вы производите съёмку со штатива, создание масок может быть автоматизировано - для этого нужно делать один "пустой" кадр (только фон, без объекта) для каждого положения камеры относительно фона (при этом, конечно, параметры съёмки должны оставаться идентичными для кадров с объектом, сделанных с этой же позиции).
Дополнительно можно постараться улучшить эффективность использования кадров (за счёт фокусного расстояния или дистанции до объекта) и чёткость (за счёт диафрагмы и выдержки). ISO рекомендуется выставлять минимальным.
Плюсом использования масок будет то, что Вы сможете сделать два перекрывающихся набора фотографий (вид снизу и вид сверху), а затем запустить выравнивание для всех кадров сразу, предварительно создав маски.
Что касается нетекстурированных поверхностей (а также блестящих и бликующих), то с ними могут возникать проблемы, т.к. PhotoScan не сможет найти достаточного количества особенностей и соответствий на них.