Добрый день,
На поверхности воды нет возможности найти соответствия между кадрами, т.к. поверхность не является статичной и изменяется во времени.
Наличие данных о координатах центров фотографирования никак не поможет снять проблему поиска соответствий. Однако, при наличии координат и углов ориентации камеры можно с помощью несложного Python скрипта ориентировать камеры по этой информации. Результат, конечно, будет гораздо менее точным и скорее будет напоминать накидной монтаж, однако, позволит избежать пропусков в ортомозаике (при этом необходимо будет использовать экстраполяцию для построения модели или ЦМР, чтобы была поверхность, на которую проецировать фото).