Добрый день,
Если геометрия и текстура объекта не изменялась в процессе съёмки двух поднаборов фотографий я бы предложил следующую последовательность действий (повторяющую во многом Вашу):
- chunk 1, align, build mesh, удаление ненужной/фоновой геометрии, import mask from model
- chunk 2, аналогично,
- в панели проект вручную перетащить фотографии в один блок (не важно, будет ли это один из исходных или новый),
- в общем чанке проверить, что все маски действительно присутствуют,
- в общем чанке запустить Align Photos с Constrain features by mask.
Если перекрытие между кадрами из обоих поднаборов хорошее (судя по скриншотам это так), то все фотографии должны выровняться в едином блоке, что позволит построить единую полигональную модель.