Добрый день,
Вы можете загружать пользовательские системы координат из PRJ файлов, в которых СК задана в формате WKT1 (Well known text).
В версии 1.3 будет также более удбный инструмент по редактированию и созданию собственных СК. Он будет доступен из окна выбора СК.