Похоже, что есть проблемы с поперечным перекрытием, поэтому выравнивание "расслаивается".
Для перекрытия мы обычно рекомендуем 80% по ходу движения и 60% между соседними пролётами.
Если количество кадров не очень большое, то в данном случае можно попробовать запустить выравнивание с теми же параметрами, но с отключённой преселекцией пар, после чего сравнить, нашлись ли соответствия между соседними линиями пролёта в этом случае по сравнению с выравниванием, запущенном с преселекцией.