Добрый день,
Похоже, что Вы используете Windows Remote Desktop, который использует эмуляцию OpenGL устройства для отрисовки вместо графической карты удалённого компьютера.
Есть несколько вариантов, как это можно обойти:
1) Использовать TeamViewer, VNC или другое приложение для удалённого подключения, которые будут корректно использовать графическую карту вместо эмуляции.
2) При "чёрном экране" нажать Alt+T - откроектся меню Tools (в русском варианте Alt+И для меню Инструменты), зайти в настройки и переключиться в режим аппаратного стерео. Переключения не произойдёт, но окно программы перерисуется.
3) Создать на удалённом компьютере bat файл для запуска с правами администратора, со следующим содержимым:
tscon 1 /dest:console
START "Launching PhotoScan" "C:/Program Files/Agisoft/PhotoScan Pro/photoscan.exe"
Данный файл будет отключать сеанс удалённого доступа, но при этом сразу же запускать PhotoScan. Подождав несколько секунд Вы можете подключиться снова и увидеть, что окно программы уже открыто и работает корректно.