Здравствуйте, Владимир,
Использование вспышки может приводить к серьёзным изменениям текстуры объекта, например, будут возникать блики, положение которых будет изменяться на каждой фотографии, а также могут появляться явные тени, позиции которых также зависят от взаимного расположение фотоаппарата и объекта.
Такого рода "мигрирующие" особенности на изображениях приводят к появлению неверных соответствий, а также потере части информации (при бликах) на поверхности объекта.
Упомянутые пакеты я подробно не изучал, но есть ощущение, что основные данные для расчёта взаимного расположения камер они получают из специальных меток, расположенных рядом с объектом или внутри сцены, в то время как PhotoScan в общем случае использует особенности самой сцены и найденные соответствия между камерами.