Я разбил проект на блоки по 1500 фотографий, каждый блог отдельно выравнивался в среднем качестве, общая переселекция пар- оптимизация - построение плотного облака (среднее качество)-классификация плотного облака, затем объединял все блоки с галочкой объединить плотные облака. Затем в merged блоке строил карту высот по земле, офп, экспорт. Высоты везде адекватные за исключением участков, где происходило наложение блоков. Высоты как будто бы рандомно сложились, но не везде. Пробовал отдельно каждый участок с деформированной высотой построить отдельно (выровнять, плотное, классификация, экспорт) но провалы по высоте всё равно сохраняются. версия photoscan 1.3.2