Вадим,
попробуйте, пожалуйста, загрузить PRJ файл со следующей информацией в окно выбора СК (это для зоны 4):
PROJCS["SK63 zone 4",GEOGCS["Pulkovo 1942",DATUM["Pulkovo 1942",SPHEROID["Krassowsky 1940",6378245,298.3,AUTHORITY["EPSG","7024"]],TOWGS84[25,-141,-78.5,0,0.35,0.736,0],AUTHORITY["EPSG","6284"]],PRIMEM["Greenwich",0,AUTHORITY["EPSG","8901"]],UNIT["degree",0.01745329251994328,AUTHORITY["EPSG","9102"]],AUTHORITY["EPSG","4284"]],PROJECTION["Transverse_Mercator",AUTHORITY["EPSG","9807"]],PARAMETER["latitude_of_origin",0],PARAMETER["central_meridian",32.5],PARAMETER["scale_factor",1],PARAMETER["false_easting",4300000],PARAMETER["false_northing",-9214.688],UNIT["metre",1,AUTHORITY["EPSG","9001"]]]
Сообщите, правильно ли работает данный файл или нужно что-то скорректировать.