Добрый день,
Синие сферы в окне Модель означают, что данные фотографии не выровнялись и их позиция обозначается в соответствии с координатами, загруженными в панель Привязка. (зелёные галочки - индикация того, что камеры выровнены).
Проблема выравнивания может быть вызвана, например, недостаточным перекрытием между изображениями.
Можете выложить файл отчёта, сгенерированный из такого проекта?