Добрый день, Андрей,
1. Тройное перекрытие означает, что каждая область видна с трёх фотографий. Это необходимое условие, но обычно при аэрофотосъёмке перекрытие значительно большее.
2. Преселекция значительно ускоряет время обработки. Вначале выбираются перекрывающиеся пары на основе уменьшенных изображений, а потом ищутся соответствия между этими парами. В случае нескольких десятков изображений разница не так существенна, как для сотен и тысяч.
3. PhotoScan может считывать GPS данные из EXIF тэгов JPG-изображений, однако, не любой фотоаппарат делает такие тэги.
Другой вариант (и обычно более распространённый) - это текстовый файл с координатами точек съёмки для каждой фотографии. Такой файл можно загружать для любого типа изображений (JPG, BMP, TIFF), при условии, конечно, что имена файлов в нём указаны верно.
4. RAW, конечно, лучше, т.к. нет дополнительных шумов и потерь, связанных с JPG-сжатием. Однако, при обработке с помощью PhotoScan'а мы рекомендуем предварительно конвертировать данные в TIFF формат, поскольку не можем гарантировать полную поддержку CR2 формата.